En los años 1995-1996, la Colaboración Auger realizó una búsqueda de sitios a nivel internacional y preseleccionó sitios en Sudáfrica, Australia y Argentina. Si bien se estudiaron en detalle varios sitios en la Argentina, la selección final recayó sobre el sitio de Pampa Amarilla, en los departamentos de Malargüe y San Rafael.

Para esta decisión se tuvieron en cuenta diversos aspectos, como la existencia de una gran planicie de más de 3000 km², con un terreno poco accidentado y accesible, una atmósfera pura con aire limpio y poca contaminación lumínica, la existencia de infraestructura local (la cercanía de la ciudad de Malargüe, existencia de caminos y de redes eléctricas y comunicaciones, etc.). También se tuvo muy en cuenta la existencia de grupos argentinos de investigación interesados en llevar adelante el proyecto y el apoyo brindado por el gobierno nacional, provincial y municipal.

El sitio de Pampa Amarilla cumple además con una serie de requisitos técnicos, como el de hallarse a una altura sobre el nivel del mar de entre 1200 y 1400 m, no presentar temperaturas muy extremas y estar ubicado a una latitud de 35º, adecuada para observar todo el hemisferio sur del cielo.

Actualmente el Observatorio Pierre Auger trabaja al 100% de su capacidad. Fue inaugurado oficialmente el 14 de noviembre de 2008.