En las cascadas atmosféricas producidas por rayos cósmicos de ultra-alta energía también se producen tenues y breves señales de radio (ondas electromagnéticas en el rango de frecuencias de decenas de MHz), que se pueden detectar con un arreglo de antenas convencionales. El proyecto de detección de ondas de radio consiste en la instalación y operación de un arreglo de unas 1600 antenas de radio, que serán colocadas sobre cada uno de los tanques de los detectores de superficie del Observatorio Pierre Auger. Este arreglo de antenas de radio permitirá medir la intensidad, los tiempos, la polarización y la distribución espacial de las señales de radio producidas por las cascadas atmosféricas. De esta manera se podrá obtener información sobre la dirección de procedencia de los rayos cósmicos primarios, su energía, su composición y los mecanismos de emisión de ondas electromagnéticas en las cascadas atmosféricas.

Las antenas, junto con la electrónica para el procesamiento de sus señales, estarán activas las 24 horas del día, al igual que los detectores de superficie del observatorio Pierre Auger.

Si bien esta técnica de detección de rayos cósmicos ya ha sido propuesta hace más de 50 años, sólo pudo ponerse en práctica recientemente, debido a las dificultades técnicas que conlleva. Un primer prototipo, denominado AERA, utilizando 124 antenas de radio, ha sido operado en el Observatorio Pierre Auger desde hace algunos años. Las antenas de AERA utilizan digitalizadores de última generación, los cuales han sido capaces de registrar los primeros eventos en coincidencia con los detectores de superficie del Observatorio Auger. Los resultados obtenidos con estos prototipos demuestran la viabilidad del proyecto de radio detección que se está instalando.